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L'acetonitrile è un irritante. È nocivo per inalazione, ingestione e contatto con la pelle. L'acetonitrile viene assorbito attraverso la pelle (per via percutanea) e agisce come un veleno per il sangue nell'organismo. L'acetonitrile ha una bassa tossicità a basse dosi. Viene metabolizzato in acido cianidrico, che è la causa dei sintomi osservati. I sintomi sono di solito ritardati (2-12 ore) perché l'organismo impiega tempo a metabolizzare l'acetonitrile in cianuro. I casi di avvelenamento per inalazione, ingestione orale o assorbimento cutaneo nell'uomo sono rari ma non sconosciuti. I sintomi che si manifestano solo alcune ore dopo l'esposizione comprendono difficoltà respiratorie, polso basso, nausea e vomito. Nei casi più gravi, possono verificarsi convulsioni e coma, seguiti da morte per insufficienza respiratoria. Le misure da adottare sono le stesse dell'avvelenamento da cianuro.
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